Le canal du Midi abrite une biodiversité d’une extrême richesse. On y trouve en effet 280 espèces animales et au moins 60 espèces végétales. VNF et ses partenaires agissent au quotidien pour la préserver durant leurs actions d’entretien et de nettoyage.
Une vingtaine d’espèces de poissons venus des cours d'eau qui l'alimentent vivent dans le canal. On y trouve la carpe, la brème et de nombreux carnassiers : le sandre, la perche, le brochet et le blackbass, et même le silure sur certains biefs (plan d'eau entre deux écluses). Un paradis pour les amateurs de pêche ! On trouve également des mollusques, comme des anodontes (moules d’eau douce) ou des corbicules (sortes de coques). Quelques batraciens et reptiles complètent le tableau, dont la couleuvre vipérine, excellente nageuse habituée des zones humides.
La biodiversité est prise en compte dans toutes les interventions d’entretien du canal et de ses abords.
Depuis 2008, Voies navigables de France est passé au “zéro phyto” et n’utilise plus de désherbants chimiques le long de la voie d’eau. Des techniques alternatives sont parfois expérimentées. Quand cela est possible au regard des contraintes techniques, les fauches tardives (après le printemps voire en fin d’été) sont privilégiées afin d’assurer le maintien de zones refuges pour les petits animaux et les insectes pollinisateurs.
L’utilisation du « génie végétal » est favorisée grâce à des plantations d’hélophytes aux racines efficaces pour lutter contre l’érosion des berges.
Les rejets d'activités humaines sont la principale cause de dégradation de la qualité de l’eau. Les hydrocarbures issus de la navigation ou du réseau routier (par effet de ruissellement), les nitrates et pesticides liés aux activités agricoles, ou encore les dégazages intempestifs, et rejets directs d'eaux grises (nettoyage) ou noires (WC) par les bateaux dégradent la qualité de l’eau.
Un réseau de suivi de la qualité de l’eau a été créé en 2017. Des campagnes de prélèvements et d’analyses sont régulièrement menées sur 16 stations réparties le long du canal du Midi.
L’usage d’huiles et graisses biodégradables est généralisé pour tous les ouvrages du canal. D’autre part, VNF lutte contre les pollutions accidentelles notamment aux hydrocarbures (dégazages ou avaries de bateau…) en s’appuyant sur l’intervention des pompiers ou avec son propre matériel (barrage, boudins absorbant les hydrocarbures…).
VNF et les collectivités agissent ensemble pour nettoyer le canal à longueur d'année. De son côté, VNF se charge d'évacuer les déchets lourds et les épaves de bateaux. VNF en lien avec les gestionnaires de ports, les collectivités et les agences de l'eau, a engagé un programme visant à créer une trentaine de stations de dépotage le long du canal (soit une tous les 20-30 km), afin de récupérer les eaux souillées des bateaux.
Certains ports peuvent ainsi hisser le pavillon bleu (Carcassonne, Castelnaudary, Toulouse).
Dans les ports, les efforts portent aussi sur des actions de sensibilisation des usagers et d'éducation aux éco-gestes. Une vidéo a été réalisée afin de sensibiliser les plaisanciers aux éco-gestes.
Un site géré par Voies navigables de France en lien avec les membres de l’Entente
pour le canal du Midi et leurs opérateurs touristiques