Le canal du Midi abrite une biodiversité riche qui constitue un corridor écologique important pour le territoire. On y trouve en effet 280 espèces animales et au moins 60 espèces végétales. VNF et ses partenaires agissent au quotidien pour la préserver lors de leurs actions d’entretien, de restauration et d'aménagements.
Une vingtaine d’espèces de poissons vivent dans le canal du Midi. Elles sont adaptées aux conditions particulières du canal (faible courant, eaux troubles). On y trouve la carpe, la brème et de nombreux carnassiers : le sandre, la perche, le brochet et le blackbass, et même le silure sur certains biefs (plan d'eau entre deux écluses). Un paradis pour les amateurs de pêche ! On trouve également des mollusques, comme des anodontes (moules d’eau douce) ou des corbicules (sortes de coques). Quelques batraciens et reptiles complètent le tableau, dont la couleuvre vipérine, excellente nageuse habituée des zones humides.
Un réseau de suivi de la qualité de l’eau a été créé en 2017 par Voies navigables de France (VNF), en partenariat avec les Agences de l’Eau. Des campagnes de prélèvements et d’analyses sont régulièrement menées sur des stations réparties le long du canal du Midi.
Les résultats sont encourageants malgré certaines problématiques ponctuelles. La qualité de l'eau peut en effet être dégradée par les hydrocarbures issus du réseau routier (effet de ruissellement) ou de la navigation , les rejets de pluviaux issus des agglomérations, les nitrates et pesticides liés aux activités agricoles, ou encore les dégazages intempestifs, et rejets directs d'eaux grises (nettoyage) ou noires (WC) par les bateaux.
L’usage d’huiles et graisses biodégradables est généralisé pour tous les ouvrages du canal et la flotte d'engins hydrauliques (pelles, gragues,...). D’autre part, VNF lutte contre les pollutions accidentelles notamment aux hydrocarbures (dégazages ou avaries de bateau…) en s’appuyant sur l’intervention des pompiers ou avec son propre matériel (barrage, boudins absorbant les hydrocarbures…).
VNF et les collectivités agissent ensemble pour nettoyer le canal régulièrement. De son côté, VNF se charge d'évacuer les déchets lourds, les décharges sauvages et les épaves de bateaux.
VNF en lien avec les gestionnaires de ports, les collectivités et les agences de l'eau, a engagé un programme visant à créer une trentaine de stations de dépotage le long du canal (soit une tous les 20-30 km), afin de récupérer les eaux usées des bateaux.
Certains ports peuvent ainsi hisser le pavillon bleu : Carcassonne, Castelnaudary, Toulouse.
Dans les ports, les efforts portent aussi sur des actions de sensibilisation des usagers et d'éducation aux éco-gestes. Une vidéo a été réalisée afin de sensibiliser les plaisanciers aux éco-gestes.
